¿Quién paga las incapacidades en Colombia y qué porcentaje le toca a cada uno?

Quién paga una incapacidad depende de dos cosas: el origen y el día que va corriendo. Casi siempre la empresa le paga al trabajador y después cobra lo que corresponde a la EPS o a la ARL. Este resumen usa las normas vigentes a noviembre de 2026.

Quién paga cada tramo si el origen es común

El Ministerio de Salud reparte los tramos igual en un concepto publicado en mayo de 2026. El tramo después del día 180 tiene matices, y los explicamos en quién paga después de 180 días.

De dónde sale el porcentaje

El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo fija «las dos terceras (2/3) partes del salario durante los primeros noventa (90) días y la mitad del salario por el tiempo restante», hasta 180 días. Dos tercios son el 66,67 %. La Ley 2466 de 2025, la reforma laboral, no cambió ese artículo.

Para la EPS, la base es el ingreso base de cotización (IBC) «reportado en el mes anterior al inicio de la incapacidad» (Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.3.1). Tres detalles cambian la cuenta:

• Prórrogas. Conservan la base de la incapacidad inicial.
• Saltos en el IBC. Lo que pase del 40 % sobre el promedio de los 12 meses anteriores no se tiene en cuenta (art. 2.2.3.4.5).
• Salario que no es fijo. Se toma el promedio del último año, o de todo el tiempo cotizado si fue menor (art. 2.2.3.4.5).

El piso del salario mínimo

La sentencia C-543 de 2007 de la Corte Constitucional dijo que este auxilio «no podrá ser inferior al salario mínimo legal vigente». El Ministerio de Salud lo aplica a lo que reconoce la EPS: el 66,67 % y el 50 %, «siempre que no resulte inferior a un salario mínimo mensual» (concepto de 2024).

En 2026 el salario mínimo es $1.750.905, o $58.363,50 por día (Decreto 1469 de 2025, citado por Función Pública). El Consejo de Estado revocó en julio de 2026 la suspensión de ese decreto, que sigue vigente mientras se decide de fondo.

Con esa cifra, esto es lo que pasa según el IBC. Son cálculos nuestros:

Por eso, a quien cotiza sobre el salario mínimo no le baja el valor: la incapacidad se liquida sobre el mínimo completo.

Un ejemplo

Un trabajador con IBC de $3.000.000 tiene una incapacidad inicial de 10 días. Por día son $100.000, y el 66,67 % son $66.667.

• Días 1 y 2: la empresa responde por $133.333.
• Días 3 a 10: corresponden a la EPS $533.333.

Para su caso, use la calculadora de incapacidades. Es un estimado: cada EPS o ARL revisa el caso y decide.

Si el origen es laboral

Responde la ARL, no la EPS. El artículo 3 de la Ley 776 de 2002 fija un subsidio «equivalente al cien (100%) de su salario base de cotización», desde el día siguiente al accidente. Si es enfermedad laboral, va desde el día siguiente al inicio de la incapacidad.

• Base. El último IBC pagado a la ARL antes del inicio de la incapacidad (Ley 1562 de 2012, art. 5).
• Duración. Hasta 180 días, prorrogables hasta por otros 180 si el tratamiento o la rehabilitación lo necesitan.
• Forma de pago. La ARL puede pagar directamente o a través del empleador.

Si hay disputa sobre el origen, sigue pagando quien corresponda según la primera calificación, hasta que haya un dictamen en firme (Ley 1562 de 2012, art. 5). Esos casos necesitan una junta de calificación o un abogado, y no entran en la auditoría.

Quién le paga al trabajador en la práctica

En origen común, la empresa, que después pide el reembolso. El trámite ante la EPS «deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador» y no se le puede trasladar al trabajador (Decreto Ley 019 de 2012, art. 121).

La EPS tiene 15 días hábiles para revisar y 5 días hábiles para pagar lo autorizado, y paga al aportante por transferencia electrónica (Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.4.3). Los pasos y las condiciones están en cómo recobrar una incapacidad, y el plazo en hasta cuándo cobrar una incapacidad.

Cómo se cuentan los días

Una prórroga no vuelve a empezar. Lo es la que se expide por la misma enfermedad o por una relacionada, si entre una y otra no hay una interrupción de más de 30 días calendario (Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.3.2). El conteo sigue, así que la empresa no asume otra vez los días 1 y 2.

Si no cumple esas condiciones, es una incapacidad nueva y el conteo arranca de cero. El Ministerio pide mirar cada caso: el tiempo entre una y otra, y la relación entre los diagnósticos. Dos incapacidades de origen común al mismo tiempo cuentan como una sola (art. 2.2.3.3.7).

Qué no cubre esta guía

• Licencias. Tienen otras reglas. Vea cómo cobrar una licencia.
• Empleados públicos. No se rigen por el Código Sustantivo del Trabajo (art. 4), así que confirme el porcentaje en su régimen.

Este trámite es gratuito y su empresa puede hacerlo directamente, sin intermediarios (Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.6.3). Si prefiere que no lo prepare su equipo, la auditoría gratuita revisa cada cobro.

Mire primero el origen y el día que va corriendo. En origen común, la empresa responde por dos días y la EPS sigue con el 66,67 % y el 50 %, sin bajar del mínimo. En origen laboral, la ARL reconoce el 100 % del IBC.